Este segundo tomo de la Historia de la América Central, publicado tras el fallecimiento de su autor José Milla en 1882, ofrece una mirada detallada al proceso de organización colonial entre 1542 y 1686. Aunque la obra quedó inconclusa, el volumen reúne los principales hechos políticos, administrativos y sociales que marcaron el primer siglo de dominio español, un período menos épico que el de la conquista, pero esencial para comprender el origen de muchas estructuras, prácticas y tensiones que influyeron en la vida republicana posterior.
El texto analiza la implementación de las Nuevas Leyes, la creación de la Audiencia de los Confines, las disputas en torno a las encomiendas, las políticas hacia los pueblos indígenas y las transformaciones económicas derivadas del régimen colonial. Milla también describe los aciertos y errores administrativos, los impactos de la legislación imperial y los debates que surgieron entre conquistadores, autoridades y órdenes religiosas. Con ello, ofrece una base documental valiosa para entender los fundamentos históricos, institucionales y sociales de la región centroamericana.