El Consejo Académico de la FLACSO es un órgano colegiado de gobierno en cada sede, establecido en los artículos III y IX del Acuerdo sobre la FLACSO.

Está integrado por:

1. El Director(a) de la sede, quien lo preside.
2. Coordinador(es-as) Académicas de Docencia e Investigación.
3. Coordinadores de áreas.
4. Representante del personal docente, elegido por los académicos.
5. Representante estudiantil, elegido por los alumnos.

Funciones principales:

1. Proponer y evaluar actividades académicas
2. Asesorar al Director
3. Evaluación presupuestaria y financiera
4. Políticas de investigación y extensión
5. Revisiones académicas
6. Nombramientos y sanciones
7. Supervisión de riesgos
8. Comités de Ética

Consejo Académico 2024 - 2025

• Marcel Arévalo - Director
• Claudia Donis - Coordinadora Académica de Docencia
• Ana Lucía Ramazzini - Coordinadora Académica de Investigación
• Juan José Méndez  - Coordinador del Programa Académico en Quetzaltenango
• Aimée Rodríguez -  Coordinadora del Programa de educación, niñez adolescencia y juventud
• Simona Yagenova - Coordinadora de Programa movimientos sociales y cambio social
• Ana Silvia Monzón -  Coordinadora del Programa género, sexualidades y feminismos 
• Ana Lucía Chávez - Coordinadora del Programa de desarrollo local y territorios